Hipoterapija, kaip ir kiti gydymo metodai, turi kontraindikacijų, t.y. netaikoma:

atlantoaxialinio nestabilumo, Dauno sindromo atveju (kai pirmieji du kaklo srities C-1 ir C-2 stuburo slanksteliai yra netvirtai sujungti  tam tikrais raiščiais, kurie išlaiko stuburą),

esant nėštumui,

osteoporozei,

aktyviai tuberkuliozei,

piktybiniams augliams,

visų ligų ūmiai stadijai ir paūmėjus chroniškoms ligoms;

sergant visomis infekcinėmis,

kraujo (pvz., hemofilija)

ir psichikos, kai sutrinka žmogaus orientacija (narkomanija, epilepsija) ligomis (Brown, 1996; Gurauskas, 1997; Heine, 1997; NARHA, 2004; AHA, 2004).